１階のワンフロアがすべて校内ストアとなっており、売場面積は一般的なコンビニエンスストアの約１０倍ほどとなっています。
結波市で、これほど大きな校内ストアを設けているのは、結波中央学園だけです。
形式上、ストア（売店）という名称を使っていますが、売り場を大きく５つに区切ったレイアウトは、売店というよりも小さな百貨店のような印象を受けるかもしれません。
校内ストアでは、授業で使用する文房具や教科書の販売、指定の制服や体操着、水着、ジャージ、靴、鞄などが購入できます。
それ以外に、飲料水や軽食も購入することができますが、お弁当などの昼食は、３時限目終了後から昼休み終了までの販売となっています。
レジでは各種検定の申込みや料金の支払い、学生証の修理などもおこなうことができます（学生証を修理に出した際には、代わりの学生証を貸し出しいたしますが、スペアの学生証は一部の機能が使用できない場合もあります。あらかじめ、ご了承ください）。
また、アクアリウム系列の商品も多数扱っており、一般雑貨、学生証関連の小物、書籍、各種チケットの販売もおこなっております。
すべての支払いは、電子マネー・Ｓｈｅｌｌでおこない、現金やクレジットカードでのお取引はできません（アクアリウム社がさだめた規定により、ＳｈｅｌｌでプリペイドのＳｈｅｌｌカードを購入できないため、校内ストアはＳｈｅｌｌカードを取り扱っていません）。
校内ストアでは、取り寄せてほしい商品、扱ってほしい商品のリクエストなども受け付けております。リクエストは学生証の［結波中央学園］→［校内ストア］→［リクエスト］から申し込むことができます。
＊リクエストにおける注意
校内ストアは、必ずしもリクエストいただいた商品を用意できるわけではありません。
結波市では、タバコやアルコール類の販売は禁止されているため、リクエストいただいても校内ストアでは扱えません（同様に、未成年者に対して購入制限のある商品は、校内ストアで扱えません）。
また、すでに流通していない商品、入手が困難な商品なども扱えません（この様な商品は学生証関連の小物に多く、学生証ケース、タッチペン、イヤホン、レンズフィルターなどは、販売期間が終了してしまうと取りよせることができません。リクエストを出す前に確認をお願いします）。
また、なんらかの理由により、リクエストいただいた品物が扱えない場合は、リクエストを出した学生証にメールでご連絡いたします。
──結波中央学園施設案内・校内ストアより抜粋
作：昌和ロビンソン